Hagfræðistofnun hefur tekið þátt í margvíslegum alþjóðlegum rannsóknaverkefnum sem flest tengjast sjávarútvegi. Stofnunin á nú aðild að tveimur verkefnum sem eru fjármögnuð af 7. rannsóknaáætlun Evrópusambandsins, en á árinu 2010 lauk verkefni sem stofnunin leiddi. Starfsfólk Hagfræðistofnunar hefur einnig fengið sjálfstæða styrki til rannsókna.